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USER GUIDE · 更新于 2026-10-23

从切片浏览到人工复核

选择左侧章节,或输入关键词查找操作步骤。

01 / 快速入门

第一次使用工作台

从浏览已有结果开始,熟悉界面后再运行新任务。

  1. 输入独立账号和密码,点击“验证账号”;再选择有权限的数据集,点击“进入工作台”。
  2. 在左侧切片库选择切片。选择 XJ_Kaposi 时默认打开 66231.ndpi;其他数据集打开第一张可用切片。右上角“切换数据集”可重新选择;新浏览器默认白天模式。
  3. 在中间浏览原片,滚轮缩放、拖拽平移;右侧查看原始标签和模型结果。
  4. 点击“叠加”或“并排”,对照原片与注意力热图。热图默认采用 Hot 配色,也可手动选择冷暖、Viridis 或 Jet。
  5. 需要人工标注时,点击阅片工具栏的“开启标注”。
本平台用于科研分析。模型预测和注意力热图用于辅助观察,不作为临床诊断。

02 / 界面导航

主界面各区域在哪里

左侧 · 切片库

搜索、筛选、导入、分析参数、执行流程和任务历史

中间 · 阅片窗口

原片 / 叠加 / 卷帘 / 并排、缩放、视野书签

右侧 · 结果与标注

MODEL OUTPUT、分析记录;开启标注后显示在线标注面板

下方 · 区域浏览

高关注 Top-K、低关注对照、图块定位

右上角可打开“外观”、切换白天/黑夜模式、打开本手册或退出。管理员还可看到“账号管理”。阅片窗口底部的分隔条可上下拖动调节高度,双击恢复默认。

磨砂玻璃外观

登录页和工作台右上角的“外观”按钮可打开设置。配色包含冰川蓝、鼠尾草绿、薰衣草紫、樱花粉、香槟米和雾石灰;质感包含轻雾(通透轻盈)、柔雾(柔和细腻)和流光(渐层光泽),共 18 种组合。点击选项即刻生效,也可与白天 / 黑夜模式搭配使用。

默认采用“冰川蓝 · 柔雾”。选择会保存在当前浏览器,刷新或重新登录后保留;“恢复默认外观”恢复配色与质感,不改变白天 / 黑夜模式。点击“完成”、右上角关闭按钮或按 Esc 收起设置。界面配色不会改变原始切片、热图色标或 ROI 标注颜色。

上图为功能位置示意,不是平台截图。

脑膜瘤-XY

按中心浏览原片与三任务热图

  1. 验证账号后选择“脑膜瘤-XY”。普通账号需由管理员单独授权。
  2. 左侧“中心”可选择全部中心或中心 1–5,各项显示切片数量。中心依据原始结果记录,与 Meningioma/1/2/3 来源目录分别显示。
  3. 可结合编号搜索、结果任务筛选;列表每页 60 张,点击“上一页 / 下一页”浏览。
  4. 选择切片后,在阅片窗口上方选择 WHO 分级、Ki-67 分类或进展分类。没有结果的任务显示“暂无结果”。切换任务保留观察位置。
  5. 使用叠加、卷帘或并排查看热图;滚轮缩放、拖拽平移,下方 Top-K 随当前任务更新,点击图块定位原片。

原始热图与重新渲染

默认采用“Hot”配色,使用原始图块注意力分数按平台的线性归一化方式渲染。也可选择“原始热图 · magma”,沿用已有实验的 asinh 变换、百分位截断、平滑和组织支持区域。热图按原始导出图的分辨率显示,放大不会增加热图细节;底层原片仍按原始分辨率加载。透明度默认 52%,可调整。“原始叠加图”在新标签页打开来源图像。

选择冷暖等配色时,使用原始图块分数按平台的线性归一化方式重新渲染,可调整关注分位;显示效果与原始导出图不同。原始热图模式不支持分位筛选。两种方式均保留原始坐标,Top-K 按原始注意力分数排序。颜色用于观察单张切片内部的相对关注,不代表局部病变概率。

结果、标签和标注

右侧显示当前任务的原始标签、预测概率、图块原始像素覆盖范围和权重校验值。进展标签暂沿用原始编码 0/1,不推测其含义。结果来自已有实验导入,不表示平台刚完成推理;未接入在线重新推理。

ROI 与整片标注、署名、版本及复核功能可正常使用。人工标注绑定切片,不会随热图任务切换而复制。保存视野、截图和结果包入口延用工作台操作。

03 / 账号与权限

登录与账号管理

平台使用独立账号。旧版共享访问密码已停用。请向平台管理员获取账号,不要使用服务器 SSH 密码登录网页。

角色权限
管理员创建/停用账号、编辑标注、提交和复核;不能自审。
标注者编辑整片与 ROI 标注、提交复核,并使用分析功能。
复核者浏览、查看历史、通过或退回;不能修改标注或运行任务。
只读浏览与导出;不能修改或复核。

管理员点击“账号管理”,填写账号、姓名和角色,并勾选可访问的数据集后创建。系统生成密码,仅创建时显示,请妥善交付对应人员。停用账号会使其现有会话失效。登录有效期为 12 小时。同一账号在 5 分钟内登录失败 10 次会暂时限制重试,等待后再登录;其他账号不受影响。

数据集选择与访问范围

登录时先验证账号,再显示该账号获授权的数据集。未获授权的数据集不会出现在选择列表中。当前工作台只显示选定数据集的切片和任务;切换前请保存标注,再点击右上角“切换数据集”。

角色决定能否编辑、复核或管理;数据集授权决定能查看哪些内容。管理员可访问全部数据集,并在“账号管理”中勾选或取消普通账号的授权。点击“保存数据集权限”会立即撤销该账号旧会话,对方需要重新登录。未勾选任何数据集的普通账号不能进入工作台。

现有普通账号保留上线前已有的数据集权限,今后新增的数据集需单独授权。上传切片归入当前数据集,服务器目录导入也会检查归属。切片、图块、任务结果、标注、复核和下载均由服务端验证权限。

04 / 切片管理

搜索、选择与导入

  1. 使用左侧搜索框按名称或切片 ID 搜索。
  2. 在当前数据集中按源目录病种和分析状态筛选,再点击切片卡片打开。XJ_Kaposi 的 5 个源目录病种可单独筛选,也可按中文病种名搜索。全量切片同步期间,左侧显示已就绪数量;新切片约每分钟自动加入列表。
  3. 需要上传时,点击“导入切片”,选择支持的 SVS、TIFF/TIF 或 NDPI 文件,界面限制最大 20 GB。
  4. 切片已在服务器时,展开“从服务器目录导入”,填写允许导入目录下的完整路径。

导入路径是计算服务器上的路径,不是您电脑的本地路径。导入新切片不代表已完成推理;可继续配置并运行分析。

05 / 自动化分析

选择模型并运行全流程

  1. 选择切片,展开左侧“分析参数 · 新建任务”。
  2. 已识别数据集的切片自动限定对应的模型数据集,再选择 MIL 模型和 fold 权重。网页上传或未识别数据集的切片需要自行选择适用的模型数据集。单次运行使用所选折,不是自动四折集成。
  3. 设置目标倍率、图块大小、重叠像素和批处理大小。
  4. 如需设置 GPU、热图配色、分割阈值及 Top-K,展开“更多参数”。
  5. 点击“运行全流程”,在“03 / 执行流程”和运行日志中观察进度。
参数说明
目标倍率支持 5×、10×、20×、40×;应与模型和实验方案匹配。
图块大小224–1024 像素。
重叠像素必须 ≥ 0 且小于图块大小。相邻图块步长 = 图块大小 − 重叠像素。
特征复用同一切片、同一预处理参数且编码器一致的已完成任务可复用特征。结果或特征文件缺失时会提示错误;取消勾选“复用同参数已完成任务的 CONCH 特征”后重新运行。

执行链路:组织分割 → 切块与 CONCH 特征提取 → MIL 切片级推理 → 注意力可视化(模型支持时)。任务在服务器后台执行,关闭网页后仍会继续;需要停止时使用“取消任务”。

并非所有 MIL 模型都输出注意力。部分模型只提供分类结果,不能生成对应的注意力热图。

06 / 阅片与热图

放大、缩小、并排和卷帘

模式使用方法
原片浏览原始 WSI 金字塔,滚轮缩放,拖拽平移。
叠加在原片上查看注意力,调整透明度、配色和保留关注分位。
并排左右窗口对照,可分别选择原片或注意力叠加,缩放和平移联动。
卷帘拖动分界滑条,对照同一位置的原片与注意力。
组织分割 / 切块网格查看对应处理阶段的概览图。

工具栏“+ / −”用于缩放,“复位”返回全片,“全屏”扩大阅片空间。热图由图块结果映射到原片,不同任务、参数和模型的显示可能不同。

注意力表达模型在该切片中的相对关注程度,不等于该局部区域的肿瘤概率。

07 / 结果与 Top-K

如何阅读 MODEL OUTPUT

  • 数据原始标签:来自数据集提供的标签及来源信息。源目录病种仅用于切片导航,不等同于经过核对的原始标签;未收录原始标签的切片显示“未提供”,可自行进行整片与 ROI 标注。
  • 模型结果:预测类别及各类别概率,不代表人工确认结论。
  • 分析记录:有效图块数、特征维度、耗时、编码器、切块参数及权重版本。

下方“高关注 Top-K”展示高注意力图块,“低关注对照”展示低关注图块。点击图块可定位原片并高亮对应范围。图块注意力值不是局部病变概率。

数据原始标签、模型预测和人工 Slide-level 标注是三个独立信息,不会相互自动覆盖。

08 / 整片标注

Slide-level 标签和备注

  1. 点击“开启标注”,在右侧找到“Slide-level · 整片标注”。
  2. 选择已有病种或输入自定义整片标签。
  3. 填写整张切片的观察备注。
  4. 点击“保存整片标注”,等待显示“已保存 · v数字”。

该标签针对整张切片,不会自动赋给每个 ROI。“导出整片标注”生成 JSON;未保存内容导出时会标记为未保存状态。

09 / 区域勾画

ROI 绘制、选择与顶点编辑

  1. 点击“开启标注”,默认工具为自由勾画,默认名称为癌组织。请根据实际区域修改名称和类别。
  2. 按住鼠标左键沿边界拖动,松开完成闭合轮廓;也可切换多边形或矩形。
  3. 多边形:单击逐点绘制,双击或 Enter 完成;矩形:按住左键从一角拖到另一角。
  4. 点击已有 ROI 或标注列表,自动进入“选择 / 编辑顶点”,显示高亮和小圆点。拖动小圆点调整边界。
  5. 继续绘制新区域时,将工具切回“自由勾画”或其他绘制工具。

选中区域后,右侧显示标注者、创建时间、最后修改者及修改时间。未记录个人署名的历史 ROI 显示“历史共享账号”。

完成绘制和顶点编辑会自动保存。修改名称、类别、颜色、备注后,需要点击“保存属性”。青蓝色选中高亮不会修改 ROI 原本颜色。

当前自由勾画是沿边界绘制轮廓,不是涂抹式画笔。画笔擦除、挖孔、锁定、合并和多选尚未提供。

切换切片与保存状态

切换切片后,绘制工具恢复为“自由勾画”,名称恢复为“癌组织”,并清除上一张的选中状态。若标注面板已经开启,会保持开启。原有 ROI 按当前切片重新加载。

每张切片独立保存,上一张的请求不会阻挡下一张。“保存中”表示尚未确认完成;“已保存 · v…”才表示服务器已确认。关闭或刷新前若有未保存内容,浏览器会提示,草稿也会保留。

若显示“标注加载失败”,点击“重试加载标注”;重新开启标注也会尝试恢复。保存失败可点击“重试保存”。遇到版本冲突时,先“导出本地草稿”,再“加载服务端版本”,避免覆盖他人修改。可通过“导出诊断记录”向管理员提供切片切换、加载及保存错误记录;其中不包含 ROI 坐标或密码。

10 / 鼠标与右键

标注操作速查

操作效果
Ctrl + 左键拖动标注过程中移动视野,不修改 ROI。
按住空格后拖动临时平移视野。
滚轮 / + / −缩放视野。
点击已有 ROI选中并进入顶点编辑;查看署名。
右键已标注区域打开“删除此 ROI”菜单,删除后可撤销。
Esc取消当前绘制或关闭右键菜单。
Ctrl/Cmd + Z在标注画布中撤销。
Ctrl/Cmd + Shift + Z在标注画布中重做。

快捷键在文本输入框内不会接管正常文字编辑。“结束标注”收起在线标注面板;“隐藏轮廓”控制图像上的 ROI 显示。

11 / 版本与复核

提交、通过和退回修改

  1. 标注者先保存全部整片与 ROI 修改,处理任何失败或冲突提示。
  2. 在“版本与复核”填写提交说明,点击“提交复核”。
  3. 另一位复核者打开同一切片,查看标注与历史,填写意见后选择“通过”或“退回修改”。退回必须填写意见。
  4. 标注者根据意见修改、保存并重新提交。

复核绑定 ROI 版本 + 整片版本。任一级标注生成新版本后,旧版通过结论不再作为当前版本状态。系统拒绝自审、未提交版本审核及过期版本审核。

展开“复核意见与状态记录”查看复核人、时间、意见和版本;展开“标注版本与修改记录”查看修改者、时间及历史内容。历史记录仅在展开时加载,普通阅片不会下载全部历史;再展开某个 ROI 版本,可查看新增、修改、删除数量及该版本内容。当前尚无历史版本一键恢复功能。

12 / 视野与导出

书签、截图与标注数据

入口保存内容
保存视野当前观察位置和缩放比例,保存在当前浏览器;不跨电脑同步。
视野截图PNG 展示图,包括可见 ROI;图块尚未完整加载时需等待后重试。
结果包当前已完成任务的分析结果包;人工标注请通过各自导出入口获取。
导出 GeoJSON / CSV服务器已保存的 ROI 轮廓或属性;有未保存内容时先保存或导出本地草稿。
导出本地草稿当前浏览器内的 ROI 数据,适用于保存失败或冲突时保留修改。
导出整片标注整片标签、备注与版本信息,JSON 格式。

ROI 坐标采用原始切片 level-0 像素坐标。展示截图用于汇报;需要轮廓坐标时请导出 GeoJSON。

日志中心与错误自动上报

登录审计与访问记录

在“错误 / 事件类型”选择登录成功、登录失败、退出登录、打开切片或下载 / 导出。账号支持手工输入,包括不存在的尝试登录账号;登录失败记录的是尝试使用的账号,并不证明该账号本人操作。密码、会话令牌不记录。请求格式错误、未进入登录校验时,账号可能为空。

登录、退出以及服务器生成的结果包、ROI GeoJSON / CSV 下载响应由服务端记录。浏览器切换或首次打开切片,以及视野 PNG、整片标注 JSON、本地草稿和诊断记录导出,由页面上报;同一切片的缩放、平移、瓦片加载、热图切换和自动轮询不会逐条记录。刷新后重新进入切片会产生新的打开记录。

下载记录表示服务器生成响应或浏览器发起导出,不表示文件已完整保存到用户电脑。失败的下载请求可在“服务接口错误”中查询。浏览器上报在断网、关闭页面或登录失效时可能缺失,不作为完整安全取证依据。旧版本页面刷新后启用新功能,历史未采集的登录和访问无法补录。

管理员登录工作台后,可点击右上角“日志中心”,按北京时间范围、账号、数据集、切片名称或 ID、错误 / 事件类型及来源查询,结果分页显示。展开详情可查看接口路径、状态码、请求编号及耗时。普通账号不能查看日志中心或查询日志接口。

登录后的页面会自动上报浏览器脚本错误、网络和接口错误,以及 ROI 加载、保存、显示和草稿错误。重复错误在一分钟内去重;网络故障时尝试重传一次。关闭页面或持续断网时,上报不保证送达,仍可在在线标注中“导出诊断记录”。未登录时的前端错误不上传。

日志记录服务端收到的时间,客户端发生时间作为参考。服务端接口异常、标注保存、复核和账号管理操作也从上线后开始记录。日志只采集操作元数据,并对常见敏感字段脱敏;除登录审计所需的账号名和所选数据集外,不采集表单值、请求正文、切片图像或 ROI 坐标。标注完整历史仍在“版本与复核”,推理输出仍在底部“运行日志”。

日志中心使用独立数据库,保留最近 30 天、最多 10 万条,超出范围自动清理,不清理标注与复核历史。浏览器需刷新后才能启用新版自动上报。

细胞分析 · 2026-10-19

细胞核分割、定量统计与有丝分裂候选

当前仅在 XJ_Kaposi 开放区域级研究预览。管理员和标注员可运行,具有当前数据集权限的其他账号可查看结果。

默认开启细胞核分割与统计。有丝分裂候选为实验性选项,默认不勾选:本轮五类病变的 10 个组织区域及 1 个空白区域均未产生过阈值候选,尚不能验证模型在 XJ 数据中的检出能力。

  1. 选择切片并放大到目标组织区域,点击阅片工具栏“细胞分析”。
  2. 选择“当前视野”,或选择已保存 ROI。ROI 修改后点击“刷新已保存 ROI”。区域须在切片内,边长 64–3072 原图像素;超过模型输入面积限制时需进一步放大或选择较小 ROI,不会自动裁掉部分区域。
  3. 选择细胞核分割与定量统计、有丝分裂候选检测,点击“分析此区域”。任务在后台运行,关闭面板不会取消;切换切片后可返回查看分析记录。
  4. 完成后用“细胞核轮廓”和“分裂象候选”开关对照原片。黄色虚线框表示分析范围;ROI 模式只统计中心位于 ROI 内的对象,虚线框仍为其外接矩形。
  5. “定位分析区域”返回本次范围;点击候选定位局部。原片与并排视窗均支持叠加、缩放和平移。
  6. “导出结果”包含原始区域图、叠加图、GeoJSON、逐对象 CSV、统计 JSON 和模型版本。坐标统一为原片 level-0 像素。

如何理解数字

核密度 = 检出核数 ÷ 所选区域总面积(含其中空白),单位 /mm²。面积与周长依赖切片真实 MPP;缺失时禁止定量分析。核面积来自分割掩膜,周长来自轮廓。边缘截断核计入数量,但排除在平均形态统计外。未运行的分析显示“—”,不会显示为零。

核模型为 HoVer-Net fast / PanNuke,目标 0.25 μm/px。有丝分裂候选使用 KongNet-Det MIDOG 1,沿用所固定官方推理代码的 0.5 μm/px、阈值 0.99 和四方向旋转平均;官方模型卡另列 0.25 μm/px,该差异记录在结果来源中,尚需本地真值进一步评估。模型分数不是临床诊断概率。

研究预览:尚未用 XJ_Kaposi 细胞级人工真值测定准确率。密集、细长、淡染核可能漏分或粘连;有丝分裂均为未复核候选,零候选不等于没有分裂象。结果不能替代病理诊断或自动分级。

数据保护

分析记录与输出存入独立目录及独立数据库,只读取原片与人工 ROI 快照,不覆盖 ROI、整片标注或复核历史。ROI 后续修改不会重写已有 AI 结果,应重新分析。新任务与现有 MIL 队列互斥运行;取消不会影响人工标注。

模型来源:HoVer-Net;KongNet 推理代码;KongNet 权重(CC BY-NC-SA 4.0,非商业研究用途)。

13 / 常见问题

保存失败、冲突与显示问题

选中区域后没有编辑小点?

确认已开启标注,账号为管理员或标注者;点击已有 ROI 会切换至“选择 / 编辑顶点”。旧页面可刷新加载新版本,但先保留未保存草稿。

保存失败或提示版本冲突?

先导出本地草稿。检查登录是否过期、网络是否正常;冲突表示另一页面已保存更新。保留草稿后再加载服务端版本,不要直接丢弃需要保留的修改。

为什么没有热图?

确认选择的是已完成任务,且模型支持注意力输出。部分模型仅输出分类结果。若仍在加载,请等待图块完成。

为什么无法编辑或提交?

检查顶部账号角色。复核者不能编辑,只读账号不能提交;提交前需保存标注,复核必须由另一位人员完成。

多位专家是否有各自独立的标注副本?

目前每张切片共用一套标注,按账号记录修改,并有版本冲突保护。独立账号不代表独立标注副本。

标注保存在哪里?

服务器数据库保存当前标注和历史版本;本地草稿仅用于未保存内容。原始 WSI 文件不会被改写。历史记录与数据库备份是不同概念。

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